Le livre I a posé les bases « intangibles » du pouvoir monarchique. Sa dernière peinture montre les quatre fils de Clovis, unis autour de Clotilde. Celles du livre II, après la brève réunification sous Clotaire Ier, couvrent une longue période de guerre civile, dont elles décrivent les origines, les péripéties et les tribulations. La lutte est acharnée et cruelle sur plusieurs générations, durant plus d’un demi siècle. Dans la dédicace, l’auteur dans son cabinet travaille debout, comme pour mieux maîtriser la richesse et la complexité de sa matière. Les dix neuf peintures suivantes, parmi les plus originales et les plus réussies de la série royale, sont dominées par trois problématiques imbriquées qui donnent sens à la fresque chronologique : celle de l’unité du Regnum Francorum, celle de la continuité dynastique et celle de la nature du gouvernement et de la place de l’aristocratie.
Clotaire Ier, seul survivant des fils de Clovis, a de manière fugace réunifié le Regnum Francorum. Son arrivée au pouvoir, par la force, la ruse et grâce au hasard, est conforme à la tradition franque de compétition à chaque succession après partage patrimonial. De son règne, sont retenus deux crimes monstrueux. Il fait périr par le feu Chramn, son fils révolté, avec toute sa famille, après un procès : c'est la première manifestation visuelle de l’exercice de la justice royale (fol. 1v). Le meurtre de Gautier d’Yvetot, dans une église, complète le portrait du tyran d’exercice (fol. 7v). À sa mort, en 561, la continuité de la lignée est assurée par ses fils : le bon Sigebert, roi d’Austrasie (2 peintures), le nouveau Néron Chilpéric, roi de Neustrie, c’est-à-dire de France (7), et Gontran, roi de Bourgogne (1). Leur entente ne dure guère.
Leur première cause, le partage, plaide a contrario, en faveur de la dévolution par primogéniture mâle pour préserver l’unité du royaume. La seconde n’est pas représentée : l’assassinat sordide par Chilpéric de son épouse Galswinthe, à l’instigation de sa concubine. Dans la lutte qui oppose les deux frères et tout au long de la guerre civile, les reines jouent un rôle clé. Sœur de la défunte, Brunehaut, mariée à Sigebert, est une femme d’État. De sang royal, imprégnée de culture romaine, elle œuvre au renforcement de la monarchie et de l’État contre l’aristocratie. Elle fait une première victime : Gogon, dévoué maire du palais, représentant des Grands (fol. 15 v). La seconde, Frédégonde, d’extraction modeste, perverse et déterminée, renverse la situation désespérée où elle se trouve avec Chilpéric au siège de Tournai (fol. 28v) en faisant assassiner Sigebert. Elle triomphe avec son époux. Fils aîné du vainqueur et rebelle, Mérovée choisit alors d’épouser Brunehaut, sa tante, qui saisit l’opportunité. Traqué par son père, il se suicide (fol. 34 r) ; elle s’est échappée bien avant.
La reine accuse l’évêque Pretextat, qui a béni l’union incestueuse de Brunehaut et Mérovée, d’avoir aussi voulu empoisonner Chilpéric. Une peinture montre le concile que le roi réunit à Paris (fol. 43v) contre lui. Si les Grands sont hostiles à l’indépendance des prélats, Chilpéric paraît respectueux de leurs prérogatives, pour mieux les soumettre, et en obtient la condamnation du mis en cause. Des catastrophes naturelles s’abattent soudain sur tout le royaume avec leurs cortèges de malheurs (fol. 51v) : une épidémie emporte les fils du couple royal. Frédégonde y voit une sanction divine et intercède auprès de Chilpéric pour une réforme.
Est ici insérée l’histoire d’Herménégilde ; le peintre illustre le martyre (fol. 60r) du prince héritier du royaume des Wisigoths, assassiné par son père le jour de Pâques, ainsi que la fuite de son épouse Ingonde et de leur enfant. Le rappel de la tragédie constitue un précédent, utile en quelque sorte à ce qui suit, sans pouvoir en atténuer l’horreur. Le décès de ses fils a compromis la situation de Frédégonde en laissant pour seul héritier de Chilpéric Clovis, fils de sa première épouse. Son sort est scellé (fol. 63v) en trois étapes. Représentée sans couronne, la marâtre fait empaler la concubine du prince. Elle a convaincu son mari que leurs enfants ont été empoisonnés par son fils, avec l’aide de Proserpine et de sa mère, une sorcière. Cette dernière est brûlée vive et Clovis assassiné, crime maquillé en suicide.
Le peintre décrit (fol. 72v) ensuite les signes terribles, comète et pluie de sang, qui accompagnent la naissance d’un nouvel héritier du couple royal. L’enfant meurt et Chilpéric, découvrant que Mumolus, un palatin, lui a donné par erreur du poison, décide son exécution. Frédégonde intercède et fait interrompre le supplice : elle est enceinte à nouveau ; reste qu’aucun de ses enfants n’a survécu. Aussi lorsqu’un incident révèle ensuite son adultère au roi (fol. 76v), elle le fait assassiner le jour même. Le régicide lui donne le pouvoir absolu et Clotaire, héritier légitime du défunt âgé de quatre mois, le lui assure pour longtemps.
Frédégonde et Brunehaut, veuves et régentes, sont désormais face à face. La première tente de faire assassiner la seconde : l’épisode permet de confronter deux exercices de la justice, première des prérogatives royales (fol. 81v). Brunehaut ordonne que le coupable soit fustigé, en public, avant de le renvoyer à sa commanditaire. La seconde, entourée de quelques dames de compagnie, le fait affreusement mutiler, pour couper court à toute rumeur. Reines d’Austrasie et de Neustrie, chacune a recherché la protection de Gontran, roi de Bourgogne, grand vieillard sans héritier, qui œuvre au maintien de l’équilibre entre les trois royaumes. Il n’apparaît qu’une fois (fol. 86v) pour éliminer un concurrent de ses neveux, Gondovald, fils présumé de Clotaire Ier. Il reçoit en audience ses émissaires, les humilie brutalement, le ravalant au rang d’usurpateur. La peinture suivante montre la complexité des opérations militaires mises en œuvre pour en venir à bout (fol. 90 v). Trahi, Gondovald est tué, lors de la prise de la ville forte où il s’est réfugié. À la disparition de Gontran, Childebert II hérite de la Bourgogne et Clotaire II garde le petit royaume de Neustrie. Brunehaut et Childebert II lancent une campagne brève et violente contre lui.
Frédégonde, qui a appris de ses longues années de conquête du pouvoir, va alors donner sa mesure. Elle montre son habileté et son sens des réalités politiques, en se ralliant les Grands. Avec eux, son enfant Clotaire II dans les bras, elle se transforme en chef de guerre, soit l’exercice de la seconde prérogative royale. Par ruse, elle l’emporte à Droizy (fol. 92v). Puis, à la faveur de la mort inattendue de Childebert II et du partage entre les petits fils de Brunehaut, Théodebert II (Austrasie) et Thierry II (Burgondie), Frédégonde, opportuniste, lance une offensive. Elle est dirigée pour la première fois par Clotaire, qui l’emporte à Laffaux sans pouvoir exploiter sa victoire (foL 97v). Sa mère meurt ensuite paisiblement.
Avec la majorité des deux petits-fils de Brunehaut, la situation se dégrade entre l’Austrasie et la Burgondie. Le peintre saisit la première rupture entre les deux frères (fol. 100v), quand la guerre reprend avec la Neustrie. Après l’attaque menée par Clotaire II et Landry, son maire du palais, contre Orléans où se trouve Bertoald, son alter ego dévoué à Brunehaut, elle intervient lors de la bataille d’Etampes. À partir d'un texte parfois confus, le peintre décrit la victoire de Thierry II et la défaite de Landry, confond la fuite de Clotaire II et la capture de son fils Mérovée. Le plus frappant est l’absence de Théodebert II.
La guerre fratricide éclate quand, poussé par le nouveau maire du palais Protadius, créature de Brunehaut, Thierry II ouvre le conflit à Quierzy (fol. 103v). Mais juste avant le combat, Protadius est assassiné par les Grands. La guerre reprend quelques années plus tard, les deux frères sollicitent en vain l’alliance de Clotaire II. Théodebert II doit se réfugier à Cologne. Trahi, il est assassiné (fol. 106v). Les deux fils du vaincu sont tués de la main de leur arrière-grand-mère, manifestant une folie meurtrière. Brunehaut s’oppose aussi à Thierry II quand il veut épouser leur sœur.
L’élagage drastique des autres branches de la dynastie et ses dérives mortifères ont rebattu les cartes. Au décès de Thierry II, Brunehaut fait monter sur le trône l’aîné de ses arrière petits-fils, rompant les règles successorales : c'est un coup d’état. Les Grands forment une conjuration et se tournent vers Clotaire II.
Le livre II donne plus de vigueur au contraste radical, et est en cela opposé au livre III. Après l’élimination de Brunehaut, c'est fin d’une époque : vient le retour à la paix et l’apogée du pouvoir royal des Mérovingiens.
